Nachdem Chrno zusammen mit Aeon und dem Rest der ihnen folgenden Dämonen, das Pandämonium zu Fall gebracht hatten, entführten sie die Heilige Magdalena aus dem Magdala Orden, da diese mit ihren seherischen und prophetischen Fähigkeiten den Kopf des Pandämoniums finden sollte.

Zum großen Erstaunen von Chrno leistete Magdalena während der Entführung keinen Widerstand – sie ging sogar freiwillig mit ihm und schaffte es auch später, auf dem Flugschiff „Eden“, mit den anderen Dämonen eine innige freundschaftliche Beziehung aufzubauen.

Als allerdings Probleme beim extrahieren der Informationen aus dem Gehirn des Pandämoniums auftauchen, bei dem Magdalena von diesem besessen wird und Jenay und Lizeel schwer verletzt werden, ist der Frieden vorüber.

Aeon befiehlt Chrno, Magdalena zu töten um an die nun in ihrem Gehirn befindlichen Informationen des Pandämoniums heran zu kommen. Wie auch schon bei ihrer Entführung nimmt Magdalena ihr Schicksal schweigend hin und offenbart Chrno, dass sie bereits als kleines Mädchen ihren Tod so voraus gesehen hatte. Chrno allerdings weigert sich sie zu töten und stellt sich gegen Aeon, der ihm im darauffolgenden Kampf die Hörner abbricht. Mit letzter Kraft gelingt es Chrno, Aeon zu verletzen und stürzt dann zusammen mit Magdalena von Eden.

Wie durch ein Wunder überstehen sie den Absturz, doch Chrno liegt wegen des Verlustes seiner Hörner und Unmengen Blutes, im sterben. Magdalena sieht nur einen Weg ihn am Leben zu halten: sie schließt einen Vertrag mit ihm.

In den darauffolgenden Wochen reisen Chrno und Magdalena durch den Westen, immer auf der Flucht vor Aeon, von dem sie wissen, dass er sie verfolgt. Doch Magdalenas Zustand verschlechtert sich zusehends von Tag zu Tag, was einerseits an der Besessenheit des Pandämoniums liegt, andererseits an dem Vertrag den sie mit Chrno geschlossen hat.

Als sie sich schon in Sicherheit wiegen, begegnet Chrno auf dem Weg zu einer Wasserstelle, Sheda. Schlagartig wird ihm bewusst, dass Magdalena in Gefahr schwebt und eilt zurück zu ihr, wo er sich nur noch zwischen Aeon und sie werfen kann. Er wird von Aeons Arm durchbohrt und auch Magdalena wird schwer verletzt. Daraufhin bricht der Zorn aus ihm heraus, er setzt, ohne auf Magdalena zu achten, seine dämonischen Kräfte frei um Aeon einzufrieren.

Abermals flieht er mit ihr, doch es kommt jede Hilfe zu spät. Magdalena stirbt.

Kurz darauf wird Chrno von den Mitgliedern des Magdala-Ordens, unter ihnen der junge Pater Remington, aufgefunden und lässt sich dann mit Magdalenas Sarg in eine Gruft sperren, um nie wieder Unheil anzurichten. Später finden Rosette und Joshua ihn in dieser Gruft vor.