Der Protagonist der Geschichte ist Zack Fair, ein 1. Klasse SOLDAT, der Spezialeinheit Shinras.

Dank ihres Monopols an Mako-Energie und Militäreinsatz wächst die Kontrolle des Shinra-Energiekonzerns über die Welt stetig. Der Hauptsitz Shinras liegt in Midgar, einer durch den Einfluss Shinras ständig wachsenden Mako-Stadt, und Zeichen Shinras unglaublichen Reichtums.

Die Organisation besteht hauptsächlich aus Söldnern, die in verschiedene Ränge aufgeteilt sind. Höchster Rang in dieser "SOLDAT" genannten Einheit ist die Erste Klasse, zu der Angeal gehört. Zack Fairs Ziel ist es, diese Klasse zu erreichen. Geleitet wird der Konzern von dem Shinra-Boss, auf den in Final Fantasy VII näher eingegangen wird. Zack Fair arbeitet hart, um seinen Traum zu verwirklichen. Er trainiert jeden Tag mit seinem Lehrer Angeal.

Zu dieser Zeit kommt es zu einem Zwischenfall: Genesis, ein Erste-Klasse-SOLDAT, verschwindet auf einer Mission in Wutai zusammen mit vielen anderen Soldaten. Die Shinra Corp. entschließt sich, eine SOLDAT-Einheit loszuschicken. Diese besteht unter anderem aus Angeal, Cloud, Zack und Sephiroth, der allgemein als Held auf der ganzen Welt bekannt ist.

Während des Spiels trifft Zack auf Aeris, wird bester Freund von Cloud, und findet die Wahrheit über Genesis und Angeals Herkunft heraus, das Projekt G., welches von Sephiroth missbilligt wird und seinen Hass gegenüber Shinra begründet. So werden Fragen beantwortet, die bei Final Fantasy VII offenblieben und neue Tatsachen dargestellt.