Sakura, die Prinzessin des Clow Königreichs und Shaolan, ein junger Archäologe mit einer mysteriösen Vergangenheit, sind Kindheitsfreunde und haben eine sehr enge Beziehung. In einer schicksalhaften Nacht verliert Sakura, die eine rätselhafte Kraft besitzt, jedoch all ihre Erinnerungen und schwebt in Lebensgefahr. Um Sakura zu retten, wird Shaolan vom Hohepriester Yukito in eine andere Dimension gesandt zur Hexe der Dimensionen. Von ihr erfährt Shaolan, dass Sakuras Erinnerungen in Form von Federn über etliche Dimensionen verteilt wurden und er alle Federn finden muss, um sie zu retten.

Auf seiner Suche bekommt Shaolan Gesellschaft von einem Ninja namens Kurogane, der von seiner Prinzessin verbannt wurde, weil er auf seiner Suche nach starken Gegnern unnötig tötete, und einem Magier namens Fay de Flourite (Flourite wird manchmal auch als Flowright transkribiert), welcher einen mysteriösen König namens Ashura in seiner Welt versiegelt hat und sich daher nicht mehr in dieser Welt aufhalten kann.

Die Hexe der Dimensionen bietet den Dreien, da sie ähnliche Wünsche haben (den Wunsch, in viele Dimensionen zu reisen und Sakuras Federn zu finden, den Wunsch, wieder in die eigene Dimension zu gelangen, und den Wunsch, in einer anderen Dimension zu leben), die Fähigkeit, in verschiedene Dimensionen zu reisen, an. Im Gegenzug müssen aber alle das Wertvollste, was sie besitzen, ihr überlassen. So muss Kurogane sein Schwert "Silberdrachen", Fay sein Tattoo, ohne das er seine magischen Fähigkeiten nicht benutzen will, da er dies als seine Kraftquelle bezeichnet, und Shaolan seine Beziehung zu Sakura aufgeben. So beginnt ihr Abenteuer durch Zeit und Raum.